Najwyższym organem w Związku jest Walne Zgromadzenie ZIPSEE, które zwoływane jest co najmniej raz
w roku. WZ ZIPSEE podejmuje decyzje dotyczące strategii działań Związku, wybiera i zatwierdza absolutorium Radzie ZIPSEE.

W okresie pomiędzy Walnymi Zgromadzeniami - organem najwyższym jest Rada ZIPSEE. Liczba członków Rady odpowiada liczbie członków Związku. Kadencja Rady trwa 2 lata.

W ramach ZIPSEE istnieje możliwość tworzenia Komitetów Zadaniowych. Komitet Zadaniowy powstaje
z inicjatywy, co najmniej 3 Członków Związku.
W chwili obecnej, w ZIPSEE działają 4 Komitety: ds. środowiskowych, ds. ElektroEko, ds. Praw autorskich i ds. Ceł.

Dyrektor ZIPSEE jest organem wykonawczym oraz reprezentującym ZIPSEE i może być jednocześnie Kierownikiem Biura ZIPSEE. Biuro ZIPSEE zajmuje się obsługą statutowej działalności Związku.

Przewodniczącym Rady ZIPSEE w obecnej kadencji jest Pan Grzegorz Słomkowski (JVC Sp. z o.o.)
Wiceprzewodniczącym Rady ZIPSEE w obecnej kadencji jest Pan Robert Grzelakowski (ABC Data S.A.)

Dyrektor ZIPSEE - Michał Kanownik